Le Séminaire de Québec a été fondé le 26 mars 1663 par le premier évêque en Nouvelle-France, Monseigneur François de Laval . Les buts du fondateur inspirés par le Concile de Trente étaient de former les futurs prêtres et de soutenir ceux qui étaient dans le ministère "pour servir de clergé à cette nouvelle Église". Voir Acte de fondation. Pour ce faire il réunit ses prêtres en une société apostolique qu'il appelle le "Séminaire de Québec". Cette société de prêtres diocésains par suite de son union avec le Séminaire des Missions-Étrangères de Paris en 1665 portera pendant tout le Régime français le nom de "Séminaire des Missions-Étrangères établi à Québec". En 1663, en même temps qu'est créée la Société des prêtres du Séminaire de Québec, s'ouvre le Grand Séminaire, son oeuvre première et principale qu'il conserve encore aujourd'hui.
Très tôt, l'action de Mgr de Laval s'est étendu en dehors de la sphère religieuse. En 1668, il crée l'École d'Arts et Métiers de St-Joachim et il accueille, le 9 octobre, sept jeunes français et six hurons dans un Petit Séminaire qui voit le jour dans la maison de Madame Veuve Guillaume Couillard (Guillemette Hébert) achetée par Mgr de Laval. Celle-ci se trouvait dans la Cour actuelle du Vieux-Séminaire où on a indiqué ses fondations par des pierres de couleur plus claire.
Les années passent et, après la Conquête anglaise, le Petit Séminaire transformé en collège donna le modèle des collèges classiques qui fleurirent par la suite. Le besoin d'études supérieures se faisant sentir, le Séminaire obtient un Charte royale de la reine Victoria en 1852 qui lui octroye le privilège de décerner des degrés académiques et le reconnaît comme université. C'est la naissance de la première université de langue française en Amérique : l'Université Laval. Une nouvelle institution était née au sein de l'institution mère.